OSR033 Bioinformatischer Einschlag

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OSR033

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Ja, es ist schon wieder etwas her und es hat sich mal wieder ein ganzer Sack von News angesammelt. Erstaunlicherweise geht’s in einer Reihe von Themen mal wieder etwas technischer zur Sache, denn wir haben nicht nur ein paar Tools im Gepäck, sondern schweifen auch immer wieder auf technisch getriebene Themen ab – nicht selten mit Bezug zu Konrad’s Haus- und Hofthema, der Bioinformatik. Viel Spaß!


Episode Info:
Duration 2:06:06
Recorded on 10-05-2015, Published on 10-05-2015
This work is licensed under the CC BY-SA 3.0 DE license.

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Teilnehmer:
avatar Matthias Fromm Thomann Wishlist Icon Amazon Wishlist Icon
avatar Konrad Förstner

Shownotes:

Epilog

02:05:00

Kommentare 9

  1. Hallo,

    hatte Euch schon vermisst…

    Chaosradio zur Bioinformatik fand ich auch sehr gut.
    Wollte Euch schon bescheid geben, das aufzugreifen – aber Ihr wisst ja eh immer alles 🙂
    Hat sich bewahrheitet, das war gleich Auftakt von OSR033, Euch entgehen wohl keine News.

    Das Zurückhaltende bei der Chaosradio-Sendung fand ich GERADE gut!
    Es gab mal eine Sendung zur KI.
    Die war so dermaßen grottig schlecht, weil man – trotz Schachtürken und den vielen
    Prophezeiungen, die nicht eingetreten sind-, groß verkündete, bald haben wir denkende
    Maschinen.
    Das halte ich auf Grundlage der Turingmaschine und heutiger 0/1-Technologie für absolut abwegig.
    Die Biologie kann mehr als die Silizium-Kumpanen. Parallelität und Flexibilität und Selbstreferenz.
    Das Zusammen kann mehr als kleiner-und-schneller (höhere Taktfrequenz).

    Transhumanismus: Geist-Down-/Upload a la Kurzweil ist Dualismus (vorgetragen im Namen des Wissenschftlichen Monismus – also Betrug).
    Siehe hier:
    Rethinking Leibniz – Transhumanismus in der Dekonstruktion
    http://www.vordenker.de/blog/?p=1024

    Dagegen sind die bescheidenen Bioinformatiker-Töne im letzten Chaosradio sehr, sehr angenehm.
    Wissenschaft != Prophetentum.

    Daher war die Bioinformatik-Chaosradio-Sendung so super.

    PR-Geschwafel und “wir können ALLES”, davon gibt’s doch nun wahrlich genug.
    Erst mal etwas mehr Besheidenheit und Reproducibility, dann sehen wir weiter…

    Thema Krebs: siehe diesen TED-Talk:

    Tal Danino: Programming bacteria to detect cancer (and maybe treat it) | Talk Video | TED.com
    http://www.ted.com/talks/tal_danino_we_can_use_bacteria_to_detect_cancer_and_maybe_treat_it

    Apropos Metawissenschaft:

    => Text zur Kenogrammatik von Rudolf Matzka:
    http://www.rudolf-matzka.de/dharma/kenogrammatik.pdf

    Ubuntu-Science?
    Arch-Science: https://wiki.archlinux.org/index.php/List_of_applications/Science

    git: ja, es ist sooo super 🙂

    Schönes Unix-Toolchen, was man sich auch merken kann, ist auch: “column” 🙂
    “The column utility formats its input into multiple columns”.
    Zum Beispiel csv in Terminal/Konsole anschauen usw. 🙂
    => man column

    Manchmal (oft) sind unscheinbare Tools mit die hilfreichsten.

    “Tool-porn”? lol

    @Konrad, OSR033, 1 h 24 min 33 s:
    https://www.youtube.com/watch?v=ZygK3yvUee4

    Reviews via “Sockenpuppen” / Vetternwirtschaft?
    => Peer-Review–Review?

    Danke für die erneute Nennung; ein paar Meriten
    für den “Externen” finde ich ganz gut. 🙂
    Geht ja im OSR auch oft um die Meriten der Wissenschaftler,
    da freu ich mich auch, wenn ich mal in der Sendung auftauche. 🙂
    (Ist aber unvollständig mit der Erwähnung, aber immerhin ab und zu mal… danke.)

    Zu Scott Adams:
    Heute so, morgen so, “Glaubwürdigkeitsproblem der Wissenschaft per se” (Konrad).
    Ja, genau DAS ist der wichtige Punkt dabei!
    Religonen geben “so schön” einheitliche Weltbilder of Bullshit,
    und Wissenschaft so teils selbst-widersprüchliche Ergebnisse (of truth ???),
    daß man da wirklich kaum von handlungsweisenden Ergebnissen sprechen kann.

    Der Hinweis mit Meta-Untersuchungen ist vermutlich noch das sinnvollste.
    Bleibt die Frage, ob das in vielen bereichen nicht noch eher ein seltenes Phänomen ist?
    Wieviel Prozent der *bisherigen* wissenschaftlichen Forschung ist denn per MetaStudien bereits
    erneut ins Visier genommen worden? Und welche Forschungsbereiche betrifft das?
    Ich würde mal vermuten, 90% oder mehr, wurden diesbezüglich noch nicht erneut unter die Lupe genommen…
    …gibt’s den dazu Schätzungen?

    Bzgl. Einfluß der Finanzierung auf eine Studie.
    Frage (im Sinne einer Anregung zur Diksussion):
    Wäre es möglich im Sinne der Inspiration durch (Mehrfach-)Blindstudien
    auch (Mehrfach)Blind-Finanzierungen hin zu bekommen?
    (Oder springen die privaten Geldgeber mit ihrem *beabsichtgtem* BIAS dann ab?)

    Matthias: (sinngemäß): Elsevier lohnt sich anzuschauen – aber nicht im guten Sinne!
    Haaahhahaha, das war sooo trocken rüber gebracht, ich musste hier so laut lachen,
    es war mir unangenehm, daß das Fenster offen war 🙂

    Ihr solltet mal überlegen, ein Open-Science-Kabarett-Programm zu entwerfen…
    Ihr bringt immer wieder ein paar trockene Schoten raus.
    “The Pispers of Science-Cabaret” wäre doch eine Medaille, die noch abzuholen ist 🙂

    ca. 1h 53 min: “Bizarres Konstrukt”?
    => Das nennt sich Kapitalismus!

    Gender-Thema?
    Unter dem Begriff “Gender” sind leider mehrere völlig gegensätzliche
    Strömungen zu finden.

    Gender, Pseudowissenschaft und der hpd
    https://evidentist.wordpress.com/2015/04/28/gender-pseudowissenschaft-und-der-hpd/

    Kutscheras Originalartikel:
    http://www.evolutionsbiologen.de/media/files/2015-hpd-Universitaere-Pseudowissenschaft.pdf

    Abschlußworte: “runde Sache in guter Zeit”. *räusper*

    OK, Eure “Die Lange OpenScience (Radio) Nacht” (die 24 h Sendung) war es diesmal noch nicht,
    aber “mal eben dazwischenschieben” geht bei ~ 2 Stunden nicht.

    Ihr dürft Euch freuen: ganz Deutschland geht mit OSR schlafen…
    La, le lu, nur die OSR schaut zu, wenn die Wissenschaftler schlafen,
    drum schlaf auch Du (frei nach Heinz Rühmann…)

    ===
    Abschlußfrage: was ist mit TTIP und Wissenschaft?
    Markt und Geld schlägt Wissenschaft und “Wahrheitssuche”?

    OpenScience + TTIP -> Sondersendung?!

    Gruß,
    Oliver

    • Moin Oliver!

      Meine Güte, Du bringst hier Kommentare ein, die in der Länge im guten Verhältnis zur Sendungslänge stehen – man braucht da ein bißchen Zeit um sich durchzuwühlen! 😉

      Zur Chaosradio-Folge:

      Ich wollte auch keine “lautere” Sendung, vor allem kein PR Geschwafel. Aber was ich etwas vermisst habe, ist der mit Faszination vorgetragene weite Blick, der den Laien verständlich macht, warum gerade die Grundlagenforschung so wichtig ist, auch wenn sie so im Detail stattfindet. Ich finde, gerade das kann man auch sehr gut ohne PR Geschwafel verpacken und mit Bescheidenheit vortragen. Aber wie gesagt, dass ist halt auch ein sehr subjektiver Eindruck von mir, der ich halt wenig Ahnung von Bioinformatik habe und trotzdem Begeisterung für das mitbringt, was uns diese Forschung in Zukunft für Türen öffnen kann.

      Danke auch für den Hinweis auf TTIP und Wissenschaft. Das ist tatsächlich mal einen Blick wert wie ich finde.

      Cheers,
      Matthias

    • Hi Oliver,

      wiedermal danke für die zahlreichen Links und Empfehlungen!

      Re. Abdeckung durch Metastudien hätte ich keine Zahlen. Das lässt sich wahrscheinlich auch nur schwerlich quantifizieren.

      Ich muss gestehen dass mir zu TTIP und Wissenschaft die Tiefe fehlt und ich wüsste auch nicht wen man dazu ans Mikrofon kriegen könnte. Hättest Du eine Idee?

      Konrad

    • Danke Dir für die Links Katrin – der Talk mit Rayna war mir glatt entgangen.

      Cheers,
      Matthias

  2. Bzgl. Bio + Informatik noch zwei Links:

    WDR 5 Neugier genügt – Redezeit
    Mit Neurobiologe Henning Beck: “Mythen rund um unser Gehirn”
    http://podcast-ww.wdr.de/medstdp/fsk0/70/704996/wdr5neugiergenuegtredezeit_2015-05-15_mitneurobiologehenningbeckmythenrundumunsergehirnsendungvom150515_wdr5.mp3

    Erklärt u.a. den Unterschied Gehirn vs. Computer, womit das Thema Dualismus beim Transhumanismus (download von “Geist”), wie auch schon in Nick Hafflingers Blog-Post thematisiert wird.

    Dazu passend:

    Software and Mind: The Mechanistic Myth and its Consequences
    http://softwareandmind.com/

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