OSR024 Newsrückblick zum Sommerloch

Kommentare 15

Wir sind etwas in Beschlag derzeit, wollen aber natürlich nicht, dass die Hörerinnen und Hörer darunter leiden. Darum gibt es zwar keine Folge mit Themenfokus, aber wir haben uns trotzdem zusammengefunden – es bietet sich ja auch von Zeit zu Zeit mal an das Backlog abzuarbeiten.

An dieser Stelle, wie immer, viel Spaß!


Episode Info:
Duration 1:57:07
Recorded on 07-08-2014, Published on 11-08-2014


Downloads:

Teilnehmer:
avatar Matthias Fromm Thomann Wishlist Icon Amazon Wishlist Icon
avatar Konrad Förstner

Shownotes:

Begrüßung

00:00:00

TWIG; — OSR022 mit Hilmar Lapp; — OSR023 zum OKFest;.

Hausmeisterei

00:02:14

Weniger Reaktionen auf die Folge; — Wenn thematische Wünsche bestehen, diese gern äußern;.

Backlog

00:04:16

Open Development Toolkit; — School of Data; — DeGruyter Open; — bei openscience.com gibt es gerade eine Serie wie man Open Access Bücher promotet; — Sebastian Nordhoff; — SciLangPress an der FU; — Lucy Petterson; — Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin; — Tweet von Lucy Patterson Science Hack Day Berlin; — Science Hackday am 24.-26.10.; — State Festival of Science; — Elsevier, Springer und Thieme verklagen ETH-Bibliothek und bekommen Recht; — OMICS Group Praktiken; — Konrad's Paper wird publiziert; — BioInformatics; — Grüner Weg; — The Internet's Own Boy: The Story of Aaron Swartz; — Open Guerilla Manifesto; — OSR002 zu Aaron Swartz; — How Aaron Swartz paved way for Jack Andraka's revolutionary cancer test; — Matthias Blogpost zur Doku; — Jack Andraka; — Tesla Motors verzichtet auf Patentstreite; — CRE 138 Basteln im 21.Jahrhundert; — Elons Musk; — SpaceX; — Tesla Museum; — OER Schulbuch Sprint; — Schulbuch-o-Mat; — DUZ-Beitzrag: Mit der Lizenz zum Lernen; (Scholar Ninja - An open distributed search engine for science;)  — WebRTC; — ScienceGist; — rchive.it; (EC is launching a consultation on Science 2.0 / Open Science - Rede von Máire GEOGHEGAN-QUINN;)  — Öffentliche Konsultationen der BBAW zum wissenschaftlichen Publikationssystem; — Open Science Framework; — SCOAP; — Martin Köhler zu SCOAP beim Deutschlandfunk; — Deutsches Elektronen-Synchotron DESY; — Björn Brembs; — Laborjournal; — Siegfried Bär "Forschen auf Deutsch"; — Methodisch Inkorrekt Folge 29 beginnend mit einer Life of Brian Persiflage; — Brembs Artikel "Digitale Steinzeit"; — Hubert Rehm/Siegfried Bär; — SAGE muss Paper zurückziehen; — Methodisch Inkorrekt Folge 29; — Offener Brief an die Europäische Kommission zum Human Brain Project; — Human Brain Project; — Antwort der EU; — Pavel Tomanka; — OpenSPIM; — Arbeiten mit der Pipette; — DIY Biologie; — Arduino; — Lego Mindstorms used to automate tedious laboratory tasks; — Konrad's Talk zu Automatisierung; — Bund will Kooperationsverbot von Bund und Hochschulen lockern; — Deutschlandfunk-Beitrag dazu; — BMBF Informationen dazu; — CVPR stimmt für Peer Review (PDF); — Authorea: The Fork Factor: an academic impact factor based on reuse; — Titus C. Brown's BOSC Talk "A History of Bioinformatics (in the Year 2039)"; — Ray Kurzweil; — Gary Burnhardt's Talk "The Birth and Death of JavaScript"; — Software Carpentry; — Mozilla Science Sprint; — PubMedCommons im neuen Gewand und sehr präsent bei PubMed; — A macroscopic view of cultural history; — Matthias Anfrage bei den Shownotes bezüglich Kenntlichmachung offener und geschlossener Paper; — Shownot.es; — Artikel "Universities 'get poor value' from academic journal-publishing firms"; — Artikel "Evaluating big deal journal bundles"; — Ulrich Herb: "The prevalence of Open Access publication fees"; — Artikel "Secret bundles of profit";.

Epilog

01:53:38

Kommentare 15

  1. Kleiner selbstkritischer Kommentar – wir sollten beide ein an der Reduktion von “Äh”s und “M”s (sogenannte Verzögerungslaute) arbeiten. Das macht die Folgen vielleicht auch kürzer. 🙂 Kennt jemand Tricks oder ist bewusstes Sprechen das einzige Mittel?

  2. Hi,

    was? Ihr wollt das Backlog JETZT schon abbauen?!
    Letztens meintet Ihr noch, Ihr wollt es erst mal
    wieder wachsen lassen…

    Nunja, ich will mich ja nicht beschweren…

    Kaum Feedback zu den letzten Sendungen?

    Ähem, soll ich jetzt ein schlechtes Gewissen bekommen? 😉
    Ich fühlte mich da irgendwie ganz persönlich angesprochen *hüstel*

    Mir war das Interview (Euer Superspezial-Thema/-Guru) zu speziell, hat mich nicht so angetriggert.
    Und ich hatte meinen Kopf auch obendrein in anderen Themen.
    Hab’s so nebenbei gehört, neben lesen, hacken und Rotwein oder so.

    Ob man Themenwünsche äussern kann, hatte ich auch schon
    wissen wollen… nunja.

    Themenwunsch:

    Jobmöglichkeiten im Bereich OpenScience / OpenData.
    Auch für nicht-/noch-nicht Wissenschaftler.
    “Programmierer gesucht” z.B. ?
    Weil sonst klingt das alles irgendwie nach OpenScience = Hobbyists,
    oder unbezahlte Nebenbeiprojekte überarbeiteter Wissenschaftler.
    Oder ScriptKiddie trifft OpenScience. (Ja, gemein, ich weiß ;-))
    Aber gibt’s denn da auch irgendwo Möglichkeiten, wo mal jemand
    auch bezahlt was programmieren kann? (Also: nicht als
    stutdentischer Mitarbeiter zum Hungerlohn, sondern weil da mal
    Community-like oder was weiß ich wie, auch mal jemand zumindest
    projektweise was hacken soll?)

    @Konrad:
    Deine engagierten Spontan-“Pamphlete” für OpenScience,
    gerade in der Medizin, finde ich jedesmal klasse! 🙂
    Ich sehes es ganz genauso! Weiter so! 🙂
    Open-Science-Agitation, ja super!
    Ich geh jedesmal total mit, und könnte dann immer laut
    “Genau!, genau!” rufen 🙂

    Das Problem mit nicht-patentiertem und abgewandeltem zum Patent anmelden erinnert doch an OpenSource vs. Freie Software.
    Ein Hoch auf die GPL! 🙂

    Auch von Interesse könnte sein:
    http://priorartdatabase.com/

    Warum eigentlich nicht mal Richard Stallmann interviewen? 🙂
    Ist zwar nicht direkt OpenScience, aber irgendwie passt’s ja doch.

    Hyperloop?
    Was’n das?

    Human Brain Project?
    Ach hört bloß auf.
    Die Komplexität des Organs wird stark unterschätzt.
    Rein digitale Ansätze sind eh verfehlt.
    Aber es gibt ein paar interessante Teilprojekte, die gemischt Analog-Digital arbeiten. 🙂
    Ich denke, bei denen kann was bei rum kommen.

    “Fork Factor”: sehr geil 🙂

    Genom / Transscriptom?
    Sehr interessant… Konrad, mach doch mal eine Einführung in die Genetik, ich fänd da so eine Übersicht sehr schön 🙂
    Vortrag auf DuRöhre zum Anschauen oder so?

    Ray Kurzweil? OMG!
    Knoblauch? Kreuz? Sonne? Pflock?

    War wieder viel Material dabei…
    …ich habe diesmal früher angefangen mit rein hören,
    und die zwei Stunden habt Ihr diesmal nicht geknackt, heheh,
    da war das sogar noch vor dem Morgengrauen zu schaffen…

    OpenScience Radio gehört und es ist noch immer dunkel draussen…
    …naja, der Winter naht, das muss es wohl gewesen sein 😉

    Gruß,
    Oliver

    P.S.: Ich fand diesmal habt ihr wesentlich weniger Ähhs und Ämmmhs benutzt als
    bisher.
    Daß Euch das in verinsamter Selbstkommentierung diesmal aufgefallen ist,
    liegt womöglich daran, daß der Neues-Team-Stress überwunden ist, und ihr
    da mehr Selbstbeobachtung habt walten lassen können.
    Ich fand, die Sendung hat diesmal richtig gut geflutscht.
    Ihr werdet immer Besser, und jetzt seid Ihr wirklich ein Team. 🙂

    Und auch schön, daß die Pause nicht so lang war.
    No cold turkey 😉

    • Moin Oliver!

      Nee, nee, Du als fleißiger Kommentator bist natürlich nicht angesprochen. 😉

      Danke für die Themenvorschläge, sind in der Tat ein paar interessante Sachen dabei, die wir mit Sicherheit aufgreifen werden. Auch den Vorschlag zu Konrads Einführung in “sein” Thema find ich super.

      Und danke für Deine Einschätzung betreffend “jetzt seid Ihr ein richtiges Team” – geht runter wie Öl. 😉

      Cheers,
      Matthias

    • Hi Oliver,

      wieder mal eine Menge Holz von Dir, Danke!!! Jedes Mal eine Freude!

      Ich versuche mal Deine Kommentare ein gleicher Reihenfolge anzugehen.

      Soweit ich das sehe sind ist die momentane Situation, das viele OpenScience-Projekt noch hobbymäßig/von Enthusiasten betrieben werden und dass die Professionalisierung gerade erst anfängt. OpenData-Projekten mit entsprechenden Funding gibt es aber schon lange e.g. die Sachen von denen Hilmar Lapp erzählt hat oder die Datenbank beim NCBI oder EBI). Dazu können wir gerne mal etwas aus unsere Sicht erzählen.

      Hatte ich erwäht dass ich hauptsächlich die ISC-Lizenz (BSD-Style) für meine Software nutze? 🙂 Oh, und mit Richard Stallman hatte im mal ein “Gespräch”. Den habe ich in der S-Bahn getroffen als ich in Berlin zu OKConf 2011 gefahren bin und habe ihn angesprochen. Ich habe den großen Fehler gemacht und habe “Open Source” gesagt, was er als Begriff sieht, den die Gegner von Free-Software geprägt haben um die Freiheit auszunehmen … gut er wird sich sicher nicht an mich erinnern. Bin aber nicht sicher wie er zu unserem Kernthema beitragen kann und ob er sich dafür gewinnen lassen würde.

      Hyperloop – die Flaschenpost für Menschen – ich verlinke: https://de.wikipedia.org/wiki/Hyperloop

      Ja, stimmte zu dass die ganzen systembiologischen Modellierungprojekt viel zu euphorisch gestartet wurden. Selbst bei Kartographierung der einzelnen Teile (bevor man diese dann vernetzen kann) findet man ja immer noch ganz neue Ebenen, die man vorher überhaupt nicht in die Modelle einbezogen hatte. Dennoch halte ich es für wichtig so etwas anzugehen, auch wenn man die Erwartungshaltung etwas herunter fahren sollte.

      Mein Genome/Transkriptom-Beispiel lag mir sehr nahe, aber ich kann verstehen, dass das nicht für jeden so griffbereit ist. Sehr vereinfacht: Wenn ich ein Transcriptom-Projekt habe – also mir die Gene anschaue, die momentan in einer/m Kondition/Zelltyp abgelesen werde, baue ich auf Wissen über das Genome (seine Sequenz wie auch die Annotation von Genen und regulatorischen Elementen etc.) auf. Hier müsste nicht zwangsläufig etwas von meinem Transcriptom-Daten später in das Wissen über das Genome zurückfließen (könnte aber).

      Als Genetiker würde ich mich ja nicht bezeichnen 🙂 Aber das sind Spitzfindigkeiten. Ich kann mal erzählen was ich mache – ich glaube das hatte ich bei der ersten Sendung grob umrissen, aber ich kann das näher erläutern, wenn da Interesse besteht. Wahrscheinlich erstmal ohne Bebilderung 🙂

      Schön zu hören, dass wir dich nicht ganz um den Schlaf gebracht haben. 🙂

      Und wegen der Ähmmm und Mmmms hast Du wahrscheinlich recht. Jetzt hat man schon mehr Muße sich darauf zu konzentrieren und dann fällt dies einem (mir) auf. Nennen wir es mal Feinschliff, den man jetzt angehen kann.

      Viele Grüße

      Konrad

  3. Das Thema Datenjournalismus und Datenextraktion / Webscraper war bisher noch nicht so sehr Schwerpunkt hier…?!
    Oder hab ich da was übersehen?
    Sind doch auch ‘ne Menge Daten im Netz, die man erst mal bergen muss, und dann *könnte* man damit was machen.
    Bei OpenScience denkt man sonst eher so an neu erhobene Daten, oder Daten, die schon in gut lesbaren Formaten (csv, xml, …) vorliegen?!

    Keine Ahnung, ob das ein Thema wäre für eine Sendung.
    Oder Teilthema.

    Gute Tools zum Daten Extrahieren habe ich bisher nicht gesehen,
    besonders wenn’s auch noch CLI-basiert sein soll…
    …aber ist ja immer gut, wenn man selber programmieren kann. 🙂

    • Hi Oliver,

      Ein schön Themenvorschlag für den wir mal jemanden einladen könnten.

      Ich persönlich habe ja den Luxus hauptsächlich primäre für mich/uns generierte Daten (die bei uns im Labor erzeugt werden) zu arbeiten und auch ansonsten auf strukturierte Daten zurückgreifen zu können (Genome, Annoatiotionen, etc.)

      Ich habe bisher nur ein paar Gelegenheiten wo ich darauf damit arbeiten musste, aber für den Pythionista steht mit Beautiful Soup (http://www.crummy.com/software/BeautifulSoup/) ein sehr mächtiges Tool zur Verfügung.

      Gruß

      Konrad

  4. Hi,

    nun, was das Thema Patente angeht, ist da ja eher die GPLv3 zu empfehlen…

    …falls ihr das Thema Webscraper aufgreifen solltet, lasst es mich wissen.
    Ich bin vorhin über ein paar Tools gestolpert, die vielleicht ganz brauchbar sind.
    Habe es mir aber noch nicht im Detail angeschaut.
    Ausserdem schreibe ich seit einer Weile selbst an einem (Downloader)Tool, das mehr und mehr zum allgemeinen WebScraper mutiert (war anfangs nur für Videos/Mediatheken gedacht). Natürlich CLI 🙂 Das ist aber für einen Scraper noch nicht ganz, wie ich’s haben will, also weiss ich nicht, ob’s schon Sinn macht, das als Webscraper zu bezeichnen oder gar anzupreisen. Allerdings gefallen mir die meisten anderen Tools und Libs auch nicht wirklich.
    Wer weiss, viell. ist es ja, bevor Eure nächste Sendung aufpoppt, schon brauchbar genug, um es mal zu erwähnen?

    Gruß,
    Oliver

  5. @Konrad: ich meinte bzgl. eines Genetik-Videos schon irgendwas, was von Anfang an erklärt.
    Transcriptom sagt mir nicht viel, scheint aber irgend ein Transformationstool zu sein, das Gensequenzen “umschreibt”?

    Angenommen, mal so richtig für Anfänger: man schaut mit ‘nem (Elektronen?)Mikroskop in eine Zelle und sieht da die Chromosomen.

    Woher weiss man, wo da “Anfang und Ende” ist, wie lokalisiert man ein Gen, wie geht das alles mit dem Auslesen, an- und abschalten von Genen, Epigenetik, pi-pa-po.

    Zu Deiner Berufsbezeichnung: Du hattest mal erwähnt, wenn ich das richtig in Erinnerung habe, Bioinformtiker zu sein?
    Zählt für mich als Teil der Genetik, also platt: Genetiker. 😛
    Daß das nicht mehr nur auf Mendel beruht und sich seit dem das gebiet weiter entwickelt hat, ist mir schon klar.

    Aber … das Thema ist so umfangreich, da würde ich mir nicht nur ein Video, sondern auch eine ganze Serie von Dir auf youtube anschauen.
    Ich würde nämlich schon gerne wissen, was da so in den Genen usw. abgeht, ohne das noch als Drittstudium rein nehmen zu müssen 😉

    Also so grundlegendes Zeugs, gerne auch in die Tiefe gehend, aber nicht schon im Detailwissen anfangend, das fände ich toll.
    Wie kam es z.B, daß man die eine Zeit lang als “junk-DNA” bezeichneten Abschnitte als solche bezeichnete, und wie(so) kam es zum Sinneswandel?
    Da muss doch ein Erkenntnisprozess abgelaufen sein.
    Wie kam der zustande?

    Ich finde da besonders den erkenntnistheoretischen Aspekt spannend.
    Da glaubt Mensch mit etwas Überheblichkeit schon “alle Rätsel gelöst zu haben”, und dann stellt sich die Sache noch viel komplexer raus, als anfangs angenommen.
    Dann muss man die ganzen Modelle wieder umbauen, kann zwar manches übernehmen, muss aber auch vieles raus werfen und neu machen, also die Modelle / Theorien anpassen.
    Mit “kennen wir schon alles” war dann nix.

    Was von dem, was ich in der Schule in Bio lernte (und das hat mich damals nicht so wirklich interessiert ;-)) ist heute noch brauchbar?
    Da werden womöglich die gleichen Begriffe benutzt, aber mit stark modifizierter Bedeutung gegenüber früher. (?)

    Insofern… denke ich, ist mit mal einem 10-Minuten-Exkurs beim Openscience-Radio nicht getan.

    Also komm…. lass uns nicht dumm sterben! 😉

    …tja, da hast Du Dir jetzt was aufgehalst, was? … Matthias scheint jedenfalls, wenn ich seine Kommentare richtig deute, auch drauf zu warten…
    …und nun kannste uns echt nich’ hängen lassen 🙂

  6. Hi Oliver,

    auwei … alles berechtigte und interessante Fragen … das schreit aber eher nach einer ganzen Vorlesungsreihe als einer Folge OSR. 🙂

    Hier aus zeitlichen Gründen nur ein paar kurze Antworten. Wahrscheinlich hast Du selber schon ein wenig gesucht aber falls nicht:

    Transkriptom – alle zu einem bestimmten Zeitpunkt exprimierten Gene. Soll heissen nicht alles vom Bauplan (DNA) wird auch immer in RNA umgeschrieben.

    https://de.wikipedia.org/wiki/Transkriptom

    Wichtig für das Verständnis und falls (nicht mehr) aus der Schulzeit bekannt:
    https://de.wikipedia.org/wiki/Zentrales_Dogma_der_Molekularbiologie

    Enden von Chromosomen: https://de.wikipedia.org/wiki/Telomer

    Aber wir schauen uns das nicht mit einem Mikroskop sondern an, sondern sequenzieren diese Sachen:

    https://de.wikipedia.org/wiki/DNA-Sequenzierung
    (RNA-Seq läuft ähnlich wie DNA-Sequenzierung aber die RNA wird vorher in sogenannte cDNA umgeschrieben)

    “Genetiker2 finde ich irgendwie einschränkend – wenn schon nicht “Bioinformatiker” dann einfach “Biologe” oder “Biowissenschaftler”. 🙂

    Tja, und re. Junk-RNA. Einfach die Erkenntnis, dass auch nicht-(protein)-kodierende Transcripte wichtige (regulatorische) Funktionen wahrnehmen können. U.a. siehe lncRNA oder microRNA:

    https://en.wikipedia.org/wiki/Long_non-coding_RNA
    https://de.wikipedia.org/wiki/MicroRNA

    Bei Lust auch mal ENCODE ansehen:

    https://en.wikipedia.org/wiki/ENCODE

    Naja, hoffentlich mal mehr Details dazu in naher Zukunft …

    Gruß

    Konrad

  7. Apropos Human Brain Project:

    Wo bleibt das Hirn?
    Das europäische Human Brain Project steht vor der Spaltung
    http://www.heise.de/tp/news/Wo-bleibt-das-Hirn-2369826.html

    “Human Brain Project steht vor der Spaltung”
    OK, split brain? 😉

    Aber “Wo bleibt das Hirn?” geht auch anders:

    Woman of 24 found to have no cerebellum in her brain
    http://www.newscientist.com/article/mg22329861.900-woman-of-24-found-to-have-no-cerebellum-in-her-brain.html#.VBIMnOL6lpi

  8. Eine eigene Folge zu Patentrecht in der Wissenschaft wäre super. Würde vielen Leuten helfen, da das oft ein Gegenwind-Argument ist, und sich viele damit nicht tiefer beschäftigt haben. Vielleicht mal eine*n Expert*in einladen.

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